1998年，徐云龙加盟北京国安队。2000年4月，他首次入选米卢蒂诺维奇执教的国家队，备战并参加了第12届亚洲杯，并随全队夺得第4名；2001年，他再次入选国家队，参加韩日世界杯亚洲区预选赛，全队获得小组出线权，但因病未能参加十强赛。
2017年2月26日，徐云龙正式宣布退役，出任商务总监。
运动生涯
1993年，徐云龙首次代表北京队参加“全国可口可乐青少年足球锦标赛”，打进6球夺得亚军，这也是徐云龙在足球比赛中获得的第一个荣誉。1996年，徐云龙同时被八一青年队和北京青年队选中，最终选择了张建国带领的北京青年队，开始了自己的职业球员生涯。1998年，徐云龙入选国青队，首次穿上国字号球衣。1999年，徐云龙加盟北京国安队，并参加了当年的职业联赛。随后2000年，他入选“糜家军”，成为国家队球员。
1999年以右后卫身份出道后，徐云龙在此前几年的澳超联赛中经常出任前锋。2000年，魏克兴经常把身体素质极佳的徐云龙推到锋线上。足协杯和联赛中，徐云龙也是双线开花，打进不少关键精彩进球。客场4：2战平厦门的比赛中，徐云龙梅开二度，打进个人澳超联赛首粒进球。
2000年4月，他首次入选国家队，参加了同年的亚洲杯，并随全队夺得第4名。2001年4月22日，在中国队与马尔代夫队的比赛中，徐云龙攻入了自己为国家队首粒进球。由于身体原因，他没有参加2001年韩日世界杯亚洲区预选赛十强赛，但在此前的预选赛6场小组赛中，他攻入3球。但身体状态恢复后的他，仍然被米卢蒂诺维奇征召，随中国男足出征2002年世界杯，作为主力右后卫，参加了全部3场小组赛，出场270分钟。
2000年5月25日首次代表国家队出场。2001年4月22日，在中国与马尔代夫的比赛中，攻入他代表国家队的第一个进球。
2001年，徐云龙随中国队参加世界杯预选赛小组赛时，虽然是主力右后卫，却在6场小组赛中打进3球，仅次于打进6球的谢晖，与杨晨并列中国队第二射手。可惜的是，徐云龙因病缺席了那一年的十强赛，成为了他心中的遗憾。在澳超联赛中，徐云龙因病缺席了大部分比赛，但还是打进了两球。

2002年，佩特洛维奇接手国安，他对徐云龙十分欣赏，不仅委以队长重任，更让他成为球队的核心人物和精神领袖，还将徐云龙直接推上了锋线。当时徐云龙在国家队是主力右后卫，世界杯三场出场270分钟，对阵巴西队的比赛中，面对卡洛斯、德尼尔森的接连进攻，他丝毫不输风头。在国安队，他是主力前锋，全年打进8球，助攻5次，是队内继卡西亚诺之后的第二射手，国安也继1997年后，再次获得联赛第三名。
2003年虽然北京国安成绩不佳，但是徐云龙还是打进了3个球。
2004年，徐云龙在中超联赛的第一年就打进2球。
2004年入选参加在中国举行的亚洲杯，徐云龙从米卢到担任主教练的朱广沪一直担任国家队的主力后卫。
2005年中超联赛，徐云龙共打进5球，其中大部分是头球。
2006年中超联赛，徐云龙在442阵型中由前锋改打中后卫，与穆萨搭档，在客场对阵陕西的比赛中打进一球。
2007年中超联赛，徐云龙依然出任中后卫，经常和张永海搭档，并在客场对阵深圳的比赛中打进一球。
2008年中超联赛，徐云龙司职中后卫、右后卫。
2009年中超联赛，徐云龙主要出任中后卫，偶尔出任右后卫，并在主场对阵重庆的比赛中打入一球，2009年10月31日随北京国安夺得中超联赛冠军。
2011年10月，中超联赛第28轮，北京国安1比0战胜天津泰达。这是徐云龙职业生涯第300场顶级联赛和第200场中超联赛。徐云龙是中国职业足球顶级联赛第四位出场次数达到300场的球员，也是中超联赛第一位出场次数达到200场的球员。
2016年9月14日，中超联赛第21轮，北京国安客场2比0战胜辽宁宏云，徐云龙下半场替补于大宝出场，为国安出场次数增至500场。
2017年2月26日，徐云龙正式宣布退役，出任商务总监。
技术特点
徐云龙是前锋出身的右后卫，能打右中场、中后卫，身体素质出众，爆发力惊人，右路冲刺速度快如闪电，传中精准，体格健硕，速度快，是天生的边后卫。
徐云龙身体素质好，速度快，能力全面，突破、助攻能力出色，能打前锋、边锋、边后卫等多个位置，被俄罗斯人称为“中国最佳球员”。2006年，他改踢中后卫，并取得成功。
场外生活
成为一名父亲
2022年12月3日，前国安队队长徐云龙在微博发文称母女俩平安，喜获世界杯宝宝！其妻子王希瑶，原名王倩琴（大蘑菇），为徐云龙产下一女。网友芬芬为小云龙出生送上祝贺和祝福。其妻子也在抖音平台发布视频，写道2022年12月3日，一只6.15斤的幼崽出生，让他们既当爸爸又当妈妈。从视频中可以看出徐云龙和妻子王希瑶恩爱幸福，让人感动又让人羡慕！
作为国安的绝对核心和队长，他是国安不可或缺的后防主力，在场上可以胜任右后卫、右中场和中后卫等多个位置，是米卢提拔的年轻球员，也是中超仅有的7名参加过世界杯的国内球员之一。在球场上，他是好球员、好队长、好大哥。在球场下，他是好男人、好丈夫、好父亲。当了父亲之后，徐云龙更加努力地为家庭做贡献，照顾妻女。女儿出生后，徐云龙在微博朋友圈晒出幸福的背影，引来众多网友转发祝福。
徐云龙身材高大，在场上善战，但在场下却十分体贴温柔。为了让妻子得到更好的照顾，徐云龙早早就安排了月子中心，让妻女得到最好的照顾。他努力挣钱给孩子买尿布，忙碌中表达对妻子的关心和爱护。
