1992年10月，在首次于沙特举行的法赫德国王杯（国际足联联合会杯前身）上，巴蒂斯图塔代表阿根廷国家队出场两次，打进两球，帮助阿根廷国家队夺得冠军，并被评为该项赛事的最佳射手。
1993年2月24日，在弗兰基杯比赛中，巴蒂斯图塔帮助阿根廷队在点球大战中战胜了1992年欧洲杯冠军丹麦队。6月，巴蒂斯图塔跟随阿根廷国家队参加了在厄瓜多尔举行的美洲杯。7月4日，美洲杯决赛中，阿根廷队2比1战胜墨西哥队，卫冕冠军，巴蒂斯图塔在比赛中梅开二度。本届美洲杯，巴蒂斯图塔为阿根廷国家队出场6次，攻入3球。11月17日，世界杯预选赛第二轮，阿根廷队对阵澳大利亚队。下半场第59分钟，巴蒂斯图塔突破至对方禁区右侧射门，皮球最终打在澳大利亚球员亚历克斯·托宾的腿上，飞进对方球门。最终，阿根廷队凭借这粒乌龙球，以1-0战胜澳大利亚，以两回合总比分2-1晋级1994年美国世界杯决赛圈。
1994年6月，巴蒂斯图塔随阿根廷国家队参加了在美国举行的世界杯。6月21日，世界杯小组赛首轮，阿根廷队4比0战胜希腊队。巴蒂斯图塔首次亮相世界杯，并在比赛中上演帽子戏法。然而在随后的比赛中，球队核心迭戈·马拉多纳因麻黄素检测呈阳性而被停赛，阿根廷队在1/4决赛中被罗马尼亚队淘汰出局。本届世界杯，巴蒂斯图塔为阿根廷队出场4次，攻入4球，助攻1次。
1995年1月，巴蒂斯图塔代表阿根廷国家队在法赫德国王杯上出场3次，打入2球，帮助阿根廷队夺得亚军。7月，巴蒂斯图塔代表阿根廷国家队在乌拉圭举行的美洲杯上出场4次，打入4球，荣膺该项赛事的最佳射手。不过，阿根廷队最终在1/4决赛中点球大战不敌巴西队，无缘半决赛。
1996年9月1日，世界杯美洲区预选赛，阿根廷队1比1战平巴拉圭队。比赛中打入一球的巴蒂斯图塔超越迭戈·马拉多纳，成为当时阿根廷国家队历史上进球最多的球员。不过，此后，由于时任阿根廷国家队主教练丹尼尔·帕萨雷拉规定国家队球员必须剪短发，巴蒂斯图塔缺席了大部分世界杯美洲区预选赛比赛。
1998年6月，剪掉长发后的巴蒂斯图塔被主教练丹尼尔·帕萨雷拉召入阿根廷国家队，出征法国世界杯。6月21日，世界杯小组赛第二轮，阿根廷5比0战胜牙买加，比赛中上演帽子戏法的巴蒂斯图塔成为世界杯历史上唯一一位连续两届世界杯上演帽子戏法的球员。6月30日，1/4决赛，阿根廷在点球大战中6比5战胜英格兰，挺进1/4决赛。巴蒂斯图塔在上半场第6分钟罚入一粒点球，这是巴蒂斯图塔1998年为阿根廷国家队攻入的第12粒进球，也使巴蒂斯图塔成为阿根廷国家队历史上单年进球最多的球员。本届世界杯，巴蒂斯图塔为阿根廷队出场5次，攻入5球，荣获世界杯银靴奖，并帮助阿根廷队打进1/4决赛。
2001年10月，巴蒂斯图塔通过媒体宣布，他将在2002年世界杯后退出阿根廷国家队。
2002年6月，巴蒂斯图塔跟随阿根廷国家队参加了2002年韩日世界杯。6月2日，世界杯小组赛首轮，阿根廷队1比0战胜尼日利亚队。巴蒂斯图塔在下半场第63分钟攻入致胜一球，这也是他为阿根廷国家队打进的最后一粒进球。6月12日，世界杯小组赛第三场，阿根廷队与瑞典队1比1战平，阿根廷最终以1胜1平1负的战绩位列小组第三，无缘淘汰赛。巴蒂斯图塔在下半场第58分钟被替换下场，完成了他为国家队打的最后一场比赛。本届世界杯，巴蒂斯图塔为阿根廷国家队出场3次，攻入1球。11月，巴蒂斯图塔宣布正式退出阿根廷国家队。
